卵巢囊肿，有些是会影响排卵的。尤其是卵巢巧克力囊肿，往往卵巢功能会受到影响，会抑制排卵，还有一些比较大的卵巢囊肿，也很容易导致排卵障碍。包括多囊卵巢综合征，引起的一些继发性小囊肿，都会影响排卵。但是如果囊肿比较小，没有继续增长，有些并不会影响生育。
发现卵巢囊肿，要了解囊肿表面的情况。对于有生育要求的女性，如果出现不孕的现象，有可能就是因为卵巢囊肿引起的。
必要的时候，可以行卵巢囊肿剥除术，然后再备孕。有些卵巢囊肿会出现扭转、破裂或者感染的现象。如果卵巢囊肿在短时间内，生长速度比较快，就要警惕恶变的可能，要及时手术。