当皮肤癌发生在指甲的下方，在治疗的时候，首先可能需要将指甲进行拔除，之后再进行有关皮肤癌的抗癌治疗。
比如对于指甲下的小而表浅的基底细胞癌、原位鳞状细胞癌，以及一些癌前期病变的病人，可以在指甲下的局部采用一些抗癌的药物进行外用的治疗。对个别的皮肤癌的病人，在必要的情况下，可能会需要采用全身的化疗治疗手段，进一步控制病情的发展。
有的指甲下皮肤癌的病人，还可以采用局部的冷冻治疗，或者激光治疗的手段，来使皮肤癌的病变获得消退。放射治疗是治疗皮肤癌的一个重要的治疗方式，很多皮肤癌对于放射治疗是比较敏感的。