肠病性肢端皮炎综合症在发生以后有可能会诱发相应的并发症的，特别是由于皮肤损害可能反复发生以后，造成一定的继发感染。比如有的人出现口腔周围的炎症反复发生，就出现了继发性白色念珠菌感染，这样有可能会造成念珠菌性口腔炎。
如果发生在四肢末端的皮肤损害，有可能会造成表皮破损，特别是形成继发性的簇集性的水泡。而这些水泡如果继发细菌感染，可能会造成脓泡，甚至会造成明显的软组织肿胀等现象。也有的患者可能由于长期的慢性腹泻，会造成贫血或者是低蛋白血症等。