如果是颅内的蛛网膜囊肿，大多都是先天性脑部发育异常导致，也有部分患者为头颅外伤、脑肿瘤、脑部手术等因素所引起。
椎管内的蛛网膜囊肿也是先天性因素引起，少部分患者为颅内感染、椎管内出血、腰穿损伤、椎管内手术导致。
大多数的蛛网膜囊肿可能在一生当中也不会出现任何症状，通常不会造成太大的影响。有少数的患者可能会出现一些临床症状，比如脑积水、头痛等，如果压迫到脊髓还会引起下肢轻度瘫或者全瘫。出现此种情况后，应尽早进行手术治疗，避免造成严重后果。