孕期有肺结核一般不会导致胎儿畸形。肺结核的传播方式为飞沫传播，通过胎盘血液传播给胎儿的情况比较罕见，因此，孕期肺结核应该不会影响胎儿。
但是治疗肺结核的药物中可能会导致肝毒性，影响血液系统异常从而影响孕妇和胎儿，也有非常少见的直接导致胎儿异常的副作用。但是，不能因为这类副作用拒绝治疗，孕期肺结核不治疗严重时可危害孕妇健康，并且在婴儿出生后传染给婴儿。
因此，孕期肺结核需要与医生充分沟通，经医生充分评估，衡量利弊，制定系统的治疗方案，大部分规范、正确的治疗对胎儿影响较小。