慢性附睾炎主要考虑是由于衣原体等病菌感染引起的，尿路感染以及其它泌尿系统的疾病，急性感染后长时间迁延不愈导致的。长时间的致病菌感染或者是尿路感染，会通过输精管逆行进入到附睾中，或者入侵淋巴系统，导致慢性附睾炎出现。
另外，一些先天性的附睾以及输精管发育异常、或者是手术等医源性因素也会导致的附睾以及输精管的梗阻，这样阻塞性慢性附睾炎的出现。
患者在生活中不能保持会阴部卫生，会阴部长期处于潮湿、脏污的环境，也会导致慢性附睾炎出现。所以平时应该加强局部卫生，如果本身已经出现尿道炎等炎症，应该及时的治疗。