新生儿癫痫常做的检查有脑电图、CT磁共振以及计算机断层显像。新生儿期出现的癫痫有可能和先天发育异常以及分娩时的颅脑产伤、颅内感染、外伤等多种原因有关系。
因为新生儿期大脑皮质发育不是很完善，各种刺激都导致大脑皮层的异常放电，脑电脑检查阳性率增高。疾病发作时的表现多种多样，做脑电图诊断结合临床、家族史病史、实验室检查或者影像学的检查能确诊。
计算机断层显像可以检查微小肿瘤或者血管瘤引起的继发性癫痫。原发病或者脑损伤的程度与新生儿癫痫的预后有一定关系。