结膜炎的治疗方式都是以消除炎性病因和对症治疗两种方式为主，而具体的治疗方案还应结合结膜炎的类型，患者病情严重程度、具体病因等综合分析。
例如对于过敏性结膜炎，如果有明确的过敏因素，应首先切断过敏原，给予抗组胺类或者其他抗过敏性口服药物帮助缓解病症。眼表给予抗炎、消肿、止痒类眼药水治疗，部分还可以给予局部冷敷，镇静止痒。
而病毒性结膜炎，治疗上以抗病毒治疗为主，主要给予更昔洛韦、阿昔洛韦等眼药水，必要时给予口服抗病毒药物。