扁桃体切除手术是一项比较成熟的手术，术后不会留下后遗症，但在扁桃体切除手术之后，短时间内可能出现咽部干痒，不适的症状，这些症状在几个月内可自行缓解。
要注意的是，虽然扁桃体切除手术是一项成熟的手术，但仍应谨慎选择，扁桃体是人体重要的免疫器官，在切除之后一定程度上可影响免疫功能。
如果术后身体的免疫状态没有改善，一些不良的生活习惯未及时纠正，扁桃体切除之后，有更多的机会可出现其它器官的感染，如肺炎、气管炎等。