肛门有肉球要保持肛门局部的清洁，便后要用温水清洗，以防感染。还要了解肉球的病因，采取药物治疗或者手术治疗的方式。
肛门的肉球涉及的因素比较多，可见于痔疮，是由于肛管周围的血管扩张形成。如果合并大便出血、肛门疼痛，可以先应用药物治疗，用清热解毒的中药熏洗、坐浴，以及肛内塞痔疮栓、外涂痔疮膏、口服化痔胶囊等综合治疗方式。如果形成嵌顿痔，药物治疗效果欠佳，可行手术治疗。
肛管息肉、直肠息肉脱出形成的肉球，确诊后可行手术切除。也可见于皮脂腺囊肿，如合并感染，可应用抗生素抗炎治疗，再行手术切除。