副球孢子菌病目前临床还没有直接预防的方法，这种疾病只能早发现、早诊断、早治疗。
副球孢子菌在自然界特定场所的存在还不清楚，可能是以真菌的形式，存在于空气中，人通过呼吸的方式吸入，从而被感染，病菌在肺内37℃时转变成侵袭型酵母菌，经血流及淋巴向其他的部位播散。
建议患者尽量避免有粉尘的场所，例如建筑工地、机电车间等，因机电车间和建筑工人是感染这种病的高危人群，特别在美国的西南地区，这种疾病作为一种地方流行性疾病而存在。