支原体尿路感染可以选择口服敏感类抗生素药物进行治疗，或者使用具有清热解毒、利湿通淋等功效的中药治疗。
支原体尿路感染多见于性传播感染及母婴感染。感染之后治疗上只要根据尿道口分泌物镜检，确诊支原体感染后，选择敏感的大环内酯类抗生素进行治疗，比如阿奇霉素、罗红霉素等 。也可以配合服用中药或者中成药物，比如银花泌炎灵、热林清、八正散等，可以缓解症状。
需要注意的是支原体尿路感染治疗期间，成年患者的伴侣也需要进行配合治疗，否则有可能形成二次传播。治疗期间，还应该保持外阴的卫生，避免进行性行为。