肛管直肠周围脓肿在临床上也俗称为肛周脓肿。其发病原因大多数是由于肛腺感染所致，其次是肛周皮肤感染、损伤、异物、药物注射和手术后并发感染引起。
极少部分患者可继发于其他疾病，比如克罗恩病、溃疡性结肠炎、糖尿病、白血病等。为了更清楚的明确其发病的机制，需要更好的去理解肛腺，肛腺开口于肛窦，肛窦是在肛管内，开口是向上的。粪便特别是稀便非常容易进入到肛窦，干便也很容易损伤肛窦而至肛窦炎。
如果肛窦炎沿着肛腺管进入到肛腺，那么就会引起肛腺感染从而引发肛管直肠周围脓肿。