百日咳治疗不及时，会留下以下几种后遗症，中毒性脑病及一系列中枢神经系统后遗症，如癫痫、智力减退等，有的可能会由于剧烈痉咳引起脑血管痉挛、脑缺氧、脑出血以及手足抽搐症等。
这种疾病属于一种最常见的呼吸系统的疾病，百日咳后期最典型的症状，就是痉挛性的咳嗽，严重的患者有可能出现肺炎的情况。
所以这直接会导致患者气管，支气管甚至肺部出现异常，长时间会造成呼吸系统异常，呼吸困难的情况不少见，以后也有可能会复发，因此百日咳患者应及时治疗，避免这些并发症的发生。