眼球穿通伤的并发症较多，具体可以根据穿通伤损伤的部位来进行判断。
如果眼球穿通伤的部位位于角膜上，愈合之后就容易并发角膜瘢痕。如果眼球穿通伤面积较大，穿透整个巩膜壁，就容易导致眼底的视网膜脱离、视神经挫伤或者眼周肌肉受损等。此外，眼球穿通伤还特别容易导致晶状体周围的悬韧带受损，从而出现晶状体脱位的现象，这个时候也会继发出现青光眼。
此外，还容易导致晶状体受到刺激之后发生变性，从而逐渐变浑浊，所以眼球穿通伤的并发症较多。