生殖器疱疹是临床常见的一种性传播疾病，危害性比较大，因此生殖器疱疹的治疗在临床上是非常关键的。首先选择的就是抗病毒类药物比如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦，局部还可以应用阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏在局部进行外涂。
如果患者皮肤同时合并有细菌感染的情况发生，还可以用抗生素类的软膏来涂抹比如红霉素软膏、百多邦软膏都是可以的。
对于反复发作的病例，可以口服免疫调节药物如胸腺肽，匹多莫德等 ，减少复发，同时日常生活尽量不要太劳累，不要熬夜。