甲状舌管囊肿是一种先天性囊肿，源于甲状舌骨的残余上皮是在胚胎时期甲状腺形成的过程中甲状舌管退化不全所造成的。所以说，甲状舌管囊肿它是一种先天性疾病，在出生之后如果不进行干预的话甲状舌管囊肿是不会自愈的。
治疗的方法就是进行手术治疗，小儿进行手术治疗的合理时机就是在学龄之前。如果在儿童时期没有发现甲状舌管囊肿的存在，随着年龄的增长甲状舌管囊肿是可能发生感染的，从而产生瘘管，开口于颈部皮肤，出现颈部的疼痛感，在吞咽的时候，尤其明显。
一旦发生了这种情况，首先要处理的就是甲状舌管囊肿的感染情况，必须要控制好感染，可以静脉滴注一些头孢类或者是青霉素类的抗生素，当感染控制后两个月左右，才能进行手术治疗。手术的时候，甲状舌管囊肿与瘘管一并切除，这样才能够降低复发率。