肛窦炎的治疗有外治法、内治法及手术三种治疗方法。
外治法。局部敷药，可局部外用马应龙痔疮软膏、九华膏、黄柏膏，以消炎、消肿、止痛，用痔疮宁栓或用消痔锭塞肛。三黄液保留灌肠，葱硝汤熏洗坐浴。
内治法。急性发作期用大黄牡丹汤，慢性缓解期用凉血地黄汤。便秘者可加用麻仁润肠丸或口服石蜡油，促进排便。
手术疗法。对于明确的急、慢性肛窦炎或反复发作者，可酌情施行肛窦切除或肛窦切开引流手术。