半夜起夜上厕所，多考虑可能与个人机体的代谢有关。如果受到某些因素的影响，导致白天时交感神经过度兴奋，而晚上时副交感神经过于兴奋，致使晚上机体的代谢与白天存在不同，就会出现半夜总是起夜上厕所的现象。
也可能为前列腺增生所引起。常见于老年人，由于前列腺体积明显增大，致使尿道的阻力增大。而且增大的前列腺会不断对膀胱造成刺激，就容易造成尿液频繁，致使半夜总是起夜上厕所，还可伴有排尿分叉、排尿不畅等表现。
另外，泌尿生殖系统感染、泌尿道结石或泌尿道肿瘤等，都可导致病人夜间频繁起夜上厕所。