性病选择用什么药物进行治疗，主要是根据哪一种性病决定。性病的种类比较多，比如淋病、梅毒、尖锐湿疣以及生殖器疱疹和艾滋病。
在选择药物方面，梅毒建议使用青霉素进行治疗；淋病则建议选择使用头孢三代以上的药物进行治疗；尖锐湿疣需要在选择去除疣体之后，在局部涂抹防止病毒复发的药物进行治疗，比如重组人干扰素凝胶或者是抗HPV蛋白敷料。
艾滋病则建议选择使用提高免疫力的药物进行治疗，这样能够减少病原体对于免疫系统的破坏，能够适当地延长人体存活的时间。