阻塞性黄疸形成的原因，最常见的包括长期静脉营养所造成的肝内胆汁淤积，也有一些阻塞性黄疸是由于胆道系统畸形所造成的。对于静脉营养所造成的肝内胆汁淤积，多数在停用静脉营养以后，同时辅以保肝利胆等药物，黄疸可以逐渐消退。
而对于胆道系统畸形，例如胆道闭锁所造成的黄疸，则需要进行手术治疗。一般采取肝门空肠吻合术，有些最终还需要进行肝移植。对于胆管发育不良所造成的阻塞性黄疸，可以通过胆囊造瘘进行胆道冲洗来进行处理。