龟头流脓小便刺痛是比较严重的。如果流白脓可能为非淋球菌性尿道炎，如果流黄脓可能为淋球菌性尿道炎。应当及时的进行治疗，应当提取脓液的分泌物做涂片检查。
如果确诊为淋球菌感染，应当静脉滴注治疗，可选用头孢曲松钠2g，连续治疗3~5天，症状会逐渐缓解。如果为衣原体或支原体感染所引起，应当口服抗生素类药物，比如阿奇霉素、克拉霉素等，连续用药1~2周即可治愈。
在用药期间，患者应当注意身体卫生，勤换内裤，禁止性生活，防止将病菌传染给性伴侣。