小便的时候阴茎有点疼，可能的原因：
1.尿道炎。当发生尿道炎时，可以出现排尿时刺激尿道，而产生疼痛感，疼痛可以放射至阴茎海绵体，不排尿时没有疼痛感，或者疼痛比较轻微。严重的患者可能会伴有尿道分泌物出现，比如表现为尿道口流出白色或者黄色的分泌物，需要进行尿常规化验检查或者分泌物检查，进一步明确病原体，针对性用药治疗。
2.尿道结石。结石刺激尿道黏膜可以产生疼痛感，一般都会伴有尿痛、排尿费力、排尿分叉。严重的患者甚至可以导致尿道完全阻塞，而无法排尿，必要时需要进行尿道镜检查。
3.前列腺炎。炎症可以导致小便时阴茎疼痛，伴有会阴区胀痛、尿道分泌物增多，或者伴有小腹部隐痛等症状，最好进行前列腺液检查，进一步的明确。