孩子肾囊肿的严重程度不同，治疗方法也不一样。
如果肾囊肿体积较小，没有引起任何临床症状，先不予进行治疗，应当定期就医复查，了解囊肿是否有增大的迹象。如果囊肿体积逐渐增大，对周围的组织造成了压迫，引起了明显的临床症状，可以考虑进行手术治疗，比如腹腔镜下肾囊肿去顶减压术或者开放肾囊肿去顶减压术。
大多数的肾囊肿在术后可治愈。但是，随着孩子年龄的增加，在肾脏的其他部位还可能会出现肾囊肿。在术后也要加强护理，合理膳食，多让孩子休息，避免过度活动。