畸形精子症导致的男性不育，是临床上比较常见。如果检查精子畸形率高，首先通过一定的检查来寻找原因。常见的病因包括精索静脉曲张、生殖道感染。另外，接触过多的化学品、放射性、农药化肥等，都可以导致精子畸形率升高。
如果有以上原因，首先要排除和治疗。比如行精索静脉曲张手术，抗生素治疗生殖道感染，尽量避免接触有害物质。药物治疗目前多主张使用抗氧化药物的治疗，包括了维生素E、左卡尼汀口服液等，祖国医学的中医中药也有一定的疗效。
对于严重的畸形精子症，通过以上治疗无效的，可以考虑行辅助生殖。