肛周脓肿必须手术治疗才能完全治愈，手术的原则是需要将肛周脓肿的脓腔切开，并且保证引流通畅。目前在临床上肛周脓肿的手术方式有两种：
第一，单纯行肛周脓肿切开引流术，手术时在脓肿波动最明显处将脓腔切开，切口要足够大，以保证术后引流通畅，但这种手术方式会在术后形成肛瘘，三个月以后需要再次手术才能完全治愈。
第二，肛周脓肿一次性根治术，是目前临床上最常用的手术方式，在脓腔切开引流的同时，找到内口并将内口一并切开，手术创伤相对偏大，但可以避免形成肛瘘而需要二次手术。