结肠镜与电子肛门镜的区别，主要是检查的范围不一样。
电子肛门镜是通过肛门检查直肠中下段以及肛管的疾病。当怀疑有直肠下段的炎症、肿瘤、息肉或者痔疮等疾病时，可以行电子肛门镜来进行明确诊断。
当患者出现反复的腹泻、消瘦、黏液脓血便以及直肠刺激症状时，高度怀疑患者有结直肠的恶性肿瘤或者炎症等疾病，此时行电子肛门镜无法检查到更深部的肠道。因此可以选择结肠镜，结肠镜可以检查到全部的结肠以及直肠，其范围比电子肛门镜要广泛得多。