1.起源不同。胃泌素瘤起源于胃肠胰神经，神经内分泌肿瘤是起源于神经内分泌细胞。
2.临床表现不同。胃泌素瘤表现为腹痛、腹泻，腹泻呈大量水样和脂肪性。不仅会出现消化系统的症状，还可以导致循环系统内分泌系统的病变。神经内分泌瘤主要表现为进行性吞咽困难、腹痛、出汗、腹部包块等。常常累积胰腺，部分患者还有高度的转移性，严重者可危及生命。
3.辅助检查不同。胃泌素瘤主要是通过胃泌素测定、X线钡餐检查、钙剂激发试验、标准餐刺激试验等。神经内分泌瘤可以通过肿瘤标记物检查、B超检查、CT、核磁、组织病理学检查等。
4.治疗不同。神经内分泌瘤可以采用手术治疗、物理治疗、生物治疗等。胃泌素瘤主要通除外科手术外及抑酸药、抗胆碱药及化疗等综合治疗。