导致男性不孕不育的常见原因为性功能障碍。由于某些因素的影响，导致男性出现性功能障碍，致使阴茎不能勃起或阴茎勃起不坚硬，造成无法完成性生活。不能将精子输入到女性的阴道当中，也就无法使精子和卵子结合，进而引起男性不孕不育。
也可能为射精障碍所引起。常见于逆行射精，比如糖尿病导致的阴茎神经损害、严重的尿道狭窄、精阜囊肿等，都可造成逆行射精，致使精液无法进入到女性的体内，进而造成男性不孕不育。
此外，还可能为先天性的因素所引起。比如输精管缺如、睾丸发育异常、精索静脉曲张等。