慢性肺脓肿的患者可以保守治疗，也可以进行手术治疗，还要对症支持治疗。
需要根据引起患者出现肺脓肿的病原体，选择合适的抗生素进行针对性的治疗。一般需要根据细菌培养，以及药敏试验的检查结果，来选择敏感的抗生素。在检测结果尚未出来的情况下，可以使用头孢类抗生素联合甲硝唑，等抗厌氧菌类药物进行治疗。
由于肺脏内有脓液存在，还需要进行痰液引流处理，将在肺组织内的脓液及时排出。有的治疗效果欠佳，病情比较严重者，尤其有一些并发症的患者，需要及时地进行手术治疗，加强营养也是治疗的一部分。