霉菌性阴道炎一经确诊，不能光用药物来进行清洗，要进行抗真菌的药物治疗。其中包括口服的抗真菌药物，常用的有氟康唑或者伊曲康唑，同时配合阴道使用的克霉唑或硝酸咪康唑这两类的药物联合使用，对于霉菌性阴道炎的治疗是有确切的效果的。
但是由于霉菌性阴道炎是很容易复发的，一旦环境的改变，就可能会出现霉菌性阴道炎的复发。所以要在每一次月经结束以后进行复查，只有三次霉菌性阴道炎的检测是阴性的，才说明这次的治疗是得到治愈。
另外，女性在妊娠期间，由于阴道Ph值环境的改变，也容易患有霉菌性阴道炎，而怀孕期间是不能吃口服药物的，所以只能使用外用的克霉唑或是硝酸咪康唑来进行局部治疗。