一些溃疡性结肠炎的患者刚开始发病时容易被误诊为细菌性痢疾。因为这两个病在临床上都有腹泻、黏液脓血便、里急后重、腹痛或者便秘的症状。肠镜下表现也十分相似，都可以出现结肠粘膜弥漫性充血水肿、多发性浅表溃疡、表面附有脓性分泌物，病变呈连续性分布。
乙状结肠最为明显。进行肠镜检查甚至做结肠黏膜活检也难以区别究竟是溃疡性结肠炎还是细菌性痢疾。溃疡性结肠炎和慢性细菌性痢疾鉴别的关键在于找到病原菌。目前最可靠的方法是细菌培养，根据粪便和内镜取材进行细菌杆菌培养来确诊。