如果只是单纯的扁桃体炎，由于炎症刺激所引起的咳嗽，一般为干咳无痰，主要是给予抗病毒的药物进行治疗，比如小儿咽扁颗粒、四季抗病毒合剂等，在必要时还应当给小儿使用利巴韦林颗粒。
如果小儿扁桃体炎咳嗽，还伴有咳痰、喘息等症状，可能合并有下呼吸道感染，大多为细菌感染所导致。在确诊以后，主要是使用抗生素类药物进行治疗，比如头孢克肟颗粒、阿奇霉素等，也可配合进行雾化吸入治疗，能够起到止咳化痰的效果。
在治疗期间，也要时刻关注儿小儿体温的变化，当小儿体温过高时，还应给予退烧药物降低体温。