预防复杂性肛瘘，首先就是在肛瘘形成以后，要及早地通过手术进行治疗，防止肛瘘由简单的发展成复杂性的肛瘘。肛瘘是由于肛门周围脓肿发生了溃破，或者是在脓液形成以后，进行人为的切开放脓，所遗留下的管道，是属于感染化脓性的疾病。根据其发生的位置不同，分为高位的肛瘘和低位的肛瘘。
另外，根据肛瘘外口的多少，分为复杂性的肛瘘和简单的肛瘘，复杂性的肛瘘一般是需要采用挂线的方式进行治疗。主要的目的就是保持手术创口之间的引流通畅，减少术后复发的几率。
肛瘘是属于感染化脓性的疾病，所以在诊断明确以后，还是要及早地通过手术的方法进行治疗。