输尿管末段结石的治疗方法需要根据结石的体积、大小、存在时间及引起相应的症状来决定。
如果是近期发作的输尿管末段结石，体积小于0.6cm，没有导致肾周感染，此时可以选择行药物排石治疗，但注意药物排石时间不要超过2周。如果患者结石的体积较大，超过0.6cm或保守治疗未能排出的输尿管末端结石，此时应选择行输尿管镜取石手术治疗。
如果患者的结石所致感染较重，无法直接行手术治疗，可以先行输尿管支架置入，引流肾积水，控制感染。结石堵塞严重，支架置入失败者必要时可行肾造瘘术。