血栓痔疮疼痛难忍，如果处于急性发作期，也就是在血栓形成了七十二小时之内，可以在局麻下将血栓剥出。在剥出以后，肛门的局部可以使用稀释的高锰酸钾溶液进行泡洗，同时涂抹复方角菜酸酯乳膏等药物促进裂口愈合。同时，要做到按时换药，保持创口引流通畅。
如果血栓性痔疮超过七十二小时，可以进行药物对症治疗，会推荐使用苦参洗剂、复方荆芥熏洗剂等中药成分的制剂，做肛门局部的泡洗。同时可以涂抹痔疮膏等药物，促进血栓吸收。
另外，建议同时口服迈之灵片、地奥司明片等药物，促进血栓的吸收，改善局部的血液循环。