外生骨疣大部分患者是没有症状，仅表现为在局部可以触及到指定的包块。一少部分患者可以出现相应的症状，但是一般都是以局部症状为主，一般不产生全身症状。
又根据外生骨疣的具体病情，症状也不尽相同。比如有些患者会产生疼痛，主要是由于外生性骨疣，基底部产生了病理性骨折或者对局部的筋膜、韧带，产生了摩擦、牵拉、挤压，导致无菌性的炎症出现疼痛，一般不会带来明显的功能障碍。
再有，如果外生骨疣压迫了局部的神经，根据压迫的神经的部位以及神经是运动神经，还是感觉神经，会产生相应的感觉异常或者运动功能障碍，这个相对还是比较少见。
另外，有些外生骨疣可以对邻近的骨组织产生挤压，比如胫骨外生骨疣挤压腓骨，会导致腓骨部位出现疼痛症状。