脑干损伤和脑挫裂伤的区别在于两者部位不同，病因、病变不同、损伤及预后也不相同。
第一，脑挫裂伤包括大脑、小脑及脑干等处的挫裂伤。脑干损伤范围局限，是脑损伤的一部分。
第二，脑挫裂伤多是因为车祸、打击伤、爆炸伤、高处坠落伤等导致。但脑干损伤除了外伤导致以外，还包括脑干的梗塞、脑干的出血及脑干的水肿等病因。
第三，脑干损伤及脑挫裂伤都比较局限。但脑干因是神经功能的重要区域，损伤后会产生呼吸、心跳异常、肢体偏瘫、吞咽困难、声音嘶哑等症状，预后往往不佳。而脑挫裂伤神经功能损伤比较轻微，经治疗后恢复良好，极少引起神经功能障碍的发生。