婴儿肛门长小疱疹可以在医生指导下使用外用的软膏，如酞丁安、阿昔洛韦软膏等。并且在平时被疱疹污染过的衣物或物品，家长要进行煮沸消毒或者是在日光下暴晒，避免造成感染等严重后果。
另外，也要避免对肛门部皮肤的刺激，比如不要让小儿进行挠刮，也不要用热水烫洗，最好穿纯棉、宽松的衣物。
当小儿出现肛门小疱疹时，也要注意休息。如果是进行母乳喂养，母亲可以多吃一些富含维生素的食物，做到营养均衡，并且要以清淡为主，尽量不要吃刺激性食物，避免婴儿肛门疱疹情况加重。