动脉栓塞和动脉血栓的区别在于发病机制的不同。
动脉栓塞栓子来源于心脏或者是主动脉壁，比如出现了心律失常，比较常见的心律失常是房颤，或者是心脏瓣膜性的疾病，比如风心病感染性心内膜炎，都会在心脏内出现栓子。有血栓的栓子或者是细菌的栓子，这时候栓子脱落会导致远端的动脉堵塞的现象，称之为动脉栓塞。
而主动脉，比如主动脉壁的动脉粥样硬化、主动脉壁的溃疡、血栓的形成，都有可能会导致硬化的斑块脱落或者是血栓脱落，导致远端的动脉出现栓塞的现象。而动脉血栓是在动脉本身的基础上所形成的血栓，比如动脉硬化导致的动脉管腔狭窄，在这基础上有可能会导致动脉血栓的形成。
所以需要根据病人的病史查体辅助检查进行鉴别。