腘窝囊多发生于儿童与老年人，开始时腘窝部不适或发胀感、膝关节无力、软弱、关节后部疼痛等，有的患者无明显自觉症状。当囊肿增大时，在腘窝部可触及有弹性的波动性肿物，表面光滑，质地较软，压痛不明显，而且和皮肤或其它组织不粘连。膝关节屈曲活动受限，伸直时腘窝有肿胀感。局部无压痛或轻度压痛，屈膝功能受限。
继发性腘窝部囊肿有时可伴有骨关节炎、关节损伤、积液的表现，可有股四头肌萎缩、胫神经或腓总神经放射性疼痛等。