治疗霉菌性阴道炎的原则是消除发病的诱因，根据患者的情况选择合适的治疗，可选择局部治疗或全身口服抗真菌药物治疗。消除发病的诱因，常有对于有糖尿病的患者予积极的治疗，控制血糖。
对于有使用抗生素的患者应及时的停用广谱抗生素以及雌激素及糖皮质激素类的药物需及时停用。单纯性的霉菌性阴道炎可选择局部治疗，也可选择全身治疗。治疗主要有抗真菌类的药物为主。助力药物的疗效长高于致制霉菌素类药物。可选择咪康唑栓剂治疗，也可选择克霉唑栓剂及制霉菌素类栓剂。对于复发性的霉菌性阴道炎患者常需要进行一个初始的治疗及巩固治疗。初始治疗，若为局部的治疗一般可选择巩固治疗6个月，若初始治疗为口服药物则需行巩固治疗每周一次连续6个月。