坐久了肾疼大多数是因为肾区的肌肉、关节和筋膜的疾病导致。另外，肾结石或者肾囊肿也有可能导致病人出现久坐以后肾疼的情况。
坐久了肾疼最常见的原因不是肾脏的原因，而是肾外因素导致。肾外因素最常见的包括腰肌劳损、坐骨神经痛等。另外，也见于椎间盘突出，这个时候一般要求病人去做腰椎的CT或者核磁。另外，做泌尿系的超声排查病人有没有腰肌劳损、有没有椎间盘突出等。
另外，肾脏本身的原因包括肾结石、肾囊肿、肾肿瘤等，也可能会导致病人出现肾区的疼痛。所以通常情况下，还会要求病人做肾脏的超声来帮助判断这个病人有没有结石、有没有囊肿、有没有肿瘤等来帮助判断。