外耳道真菌病通常是无法自愈的，因为引发外耳道真菌病的原因，是外耳道的真菌侵入造成的，而一旦有真菌感染的情况出现，此时身体的免疫力通常无法有效将真菌清除，所以疾病就无法实现自愈。
因此，在外耳道出现了真菌感染的情况以后，可以到医院进行分泌物涂片或者是真菌培养的检查，尽快确定真菌感染的种类，之后选用敏感类的抗真菌药物，例如达克宁等，涂抹在外耳道进行局部治疗。
同时，还可以用生理盐水对耳道内已经形成的真菌团块进行清洗，也有利于疾病的好转。