巧克力囊肿一般不会自愈。正常情况下，巧克力囊肿随着病情的发展会越来越大，但是大部分它的直径，在5到6厘米以下。
囊肿的表面往往是呈灰蓝色的，囊肿的张力比较大，囊壁里面厚薄不均匀，容易形成小的破裂，破了以后囊内容物刺激局部的腹膜，以及卵巢呈炎症性的反应，从而导致卵巢破裂的地方，与周围组织发生粘连。
这种粘连大多发生在子宫的后方、阔㓞带的后叶，以及盆腔的侧壁，导致卵巢固定在盆腔里边，活动受到限制，这种女性往往会出现进行性加重的痛经。