输尿管异位开口并发后遗症常见的是尿路感染，伴随腰骶部疼痛等。女性输尿管异位开口可持续性发生尿失禁以及尿路感染，并且还容易导致外阴皮肤湿疹以及糜烂，是由于输尿管开口异常排出的尿液污染刺激所致，男性可反复发生附睾炎。
可通过尿液常规化验、静脉尿路造影等相关检查明确输尿管异位开口的具体情况，唯一有效的治疗方法是手术处理，根据开口的位置制定适宜的手术方案。
临床无任何伴随症状，对生活以及工作未造成影响的情况下，也可随访观察。