月经两个星期没干净可能是以下因素导致的：
1.如果女性出现意外怀孕的情况。在怀孕后出现先兆流产或者宫外孕，会导致阴道出血的时间延长，误认为是月经没有排干净，可能会存在腹部疼痛的症状。
2.月经两个星期没有排干净，还可能是功能性因素引起的。比如生殖系统感染疾病或者血液系统疾病，会使月经出血量增多，还会导致月经时间延长。
3.如果女性在日常经常服用含有激素类药物，比如紧急避孕药或者减肥药物导致内分泌失调，也会导致月经时间延长。