临床上对于肾萎缩，并没有特殊有效的治疗手段。一旦出现肾萎缩，说明患者疾病的时间非常长，肾脏已经出现了间质纤维化、肾小球滤过率下降、肾小球硬化这些慢性改变，这种改变是不可逆的，肾脏的组织不可能再生。
一侧肾脏出现萎缩，如果通过完善相关检查确诊为无功能肾，满足手术切除指征，可以手术切除治疗。如果一侧肾脏还有部分肾功能尚存，需要针对原发疾病治疗，延缓肾脏继续萎缩的进程。
导致肾萎缩的原因较多，比如慢性肾衰竭终末期、肾动脉狭窄、血栓、先天性肾发育不良，还有一些泌尿系结石、重度积水导致的肾功能丧失，也容易出现肾萎缩。