输尿管损伤主要引起四方面并发症：一输尿管狭窄，二、尿瘘，三、输尿管狭窄所导致的肾盂积水，四、输尿管坏死。
对于输尿管损伤最常见是引起输尿管狭窄，一般见于输尿管镜手术之后，由于对粘膜损伤，那么会导致反复的慢性炎症产生息肉或者瘢痕形成，那么容易引起输尿管狭窄，同时输尿管狭窄，如果到一定程度，甚至导致输尿管闭塞，那么会导致上方肾盂内尿液无法下行，从而引起肾盂积水。
如果输尿管损伤如输尿管有穿孔或者断裂，那么肾盂内的尿液会通过输尿管的漏孔，漏到输尿管的附近，以及腹膜后周围。因此，会有尿漏的产生，若在手术当中损伤输尿管的血管。那么会导致输尿管供血不足，从而产生输尿管坏死等并发症。