肛门瘙痒的诊断主要是通过肛门局部望诊、肛门触诊。必要时可以进行局部分泌物检测，排除是由于细菌还是真菌感染等因素引起。另外，一些过敏体质导致的肛门瘙痒，可以进行过敏原检测。
另外，结合症状查体，肛门瘙痒一般在肛门周围皮肤的位置伴有刺痒感，而且可能会出现皮肤抓痕，严重的还可能伴有肛周的红斑、丘疹以及皮肤增厚等。
一些较特殊的需要进行血糖检测，排除是不是糖尿病的伴随症状或者进行便常规检查，判断是不是肠道出血、感染等疾病引起。必要时进行电子大肠镜检查，排除是不是有肠道寄生虫的情况，以及是不是由于慢性腹泻等原因引起。